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MySQLi vs PDO – qual o mais recomendado para usar?

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MySQLi:

Vantagens:

  • API Orientada a objetos e procedural;
  • Performace elevada;
  • Sintaxe relativamente mais simples (e similar a antiga API mysql_*);

Desvantagens:

  • Só funciona com bancos MySQL;
  • Não possui parâmetros nomeados;
  • Não possui prepared statements do lado cliente;

PDO:

Vantagens:

  • Funciona com 12 drivers de bancos de dados diferentes (4D, MS SQL Server, Firebird/Interbase, MySQL, Oracle, ODBC/DB2, PostgreSQL, SQLite, Informix, IBM, CUBRID);
  • API Orientada a objetos;
  • Possui parâmetros nomeados;
  • Possui prepared statements do lado cliente (ver desvantagens abaixo)

Desvantagens:

  • Não tão veloz quanto MySQLi;
  • Por padrão, ele simula prepared statements (você pode ativar a versão nativa ao configurar a conexão dele com o banco, mas caso a versão nativa não funcione por algum motivo, ele volta a simular os prepared statements sem disparar erros ou avisos.)